荐以下几个目前主流的数据库，应该包括你所需要的内容。供参考。


1、TRANSFAC（http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html#transfac）

德国生物工程研究所开发的

TRANSFAC

数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与

DNA

结合的

profiles

的数据库。由

SITE

、

GENE

、

FACTOR

、

CLASS

、

MATRIX

、

CELLS

、

METHOD

和

REFERENCE

等数据表构成。此外，还有几个与

TRANSFAC

密切相关

的扩展库：

PATHODB

库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点；

S/MART DB

收

集了与染色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信息；

TRANSPATH

库用于描述与转录因子

调控相关的信号传递的网络；

CYTOMER

库表现了人类转录因子在各个器官、细胞类型、生

理系统和发育时期的表达状况。

TRANSFAC

及其相关数据库可以免费下载，也可以通过

Web

进行检索和查询。

TRANSFAC

数据库始建于

1988

年，采用关系数据库模式，用表格存放数

据。

1997

年起，基于

Web

的版本开始上网，目前，该数据库正在进一步开发，如构建各种转

录因子在不同细胞组织中的表达特异性数据库等。（）

2

、EPD（http://www.epd.isb-sib.ch/）

是真核基因启动子数据库，提供从

EMBL

中得到的真核基因的启动子序列，目标是帮助实验研究人员、生物信息学研究人员分析真核

基因的转录信号。现有

1500

多个启动子序列数据，按照层次式方式组织数据。关于启动子

的描述信息直接摘自科学文献，因而相对独立于

EMBL

。

该数据库所有的启动子均经过一系列的实验证实：如是否为真核

RNA

聚合酶

Ⅱ

启动

子、是否在高等真核生物中有生物学活性、是否与数据库中的其他启动子有同源性等等。

EPD

与其他的相关数据库也建立了相关链接，如

EMBL

、

SWISS-PROT

、

TRANSFAC

等。

在最新版本第

76

版本中，

EPD

将收集的启动子分为六大类：植物启动子、线虫启动子、

拟南芥启动子、软体动物启动子、棘皮类动物启动子和脊椎动物启动子。共

2997

个条目，

其中脊椎动物中的人类启动子有

1871

个，约占总数的

62%

。

EPD

是目前唯一的一个实验证实启动子数据库，所以是各种预测软件的评论手段之一。

3

、SCPD（http://cgsigma.cshl.org/jian/）酵母启动子数据库（The Promoter Database of Saccharomyces cerevisiae）

提供

6000

余

条酵母基因和

ORF

以及相关的调控元件和转录因子数据。在

SCPD

中列有酵母菌的

256

个转

录因子，目前已经可以借助基因表达分析来搜寻基因的调控位置。

Roth

等人及

Hughes

等人针

对有类似基因表现图谱的基因启动子位置，寻找统计上经常出现的

DNA

序列，发现

3311

个

DNA motif

，经归类后有近

400

个

DNA motif

。由于一个基因的启动子区域经常含有一个以上

的不同的

DNAmotif

，并且无法知道哪些

DNAmotif

必须同时与转录因子结合进而促进基因表

达。

Pilpel

等人设计了一种称作基因表达一致性分数（

Expression Coherence Score

）的度量，

做法是先收集酵母菌全部在启动子区域上拥有某种特殊

DNA motif

组合的基因，接下来计算

酵母菌在不同生理状况下基因表现的相关性（即

Expression Coherence Score

），如果相关系数

高，则可以推测出此种

DNAmotif

的特殊组合对基因表达进行调控。

4

、TRRD（http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/）

转录调控区数据库（

Transcription RegulatoryRegions Database

）

是在不断积累的真核生物基因调控区结构－功能特性信息基础上构建的。每一个

TRRD

的条目里包含特定基因各

种结构－功能特性：转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基因表达调控模式等。

TRRD

包括五个相关的数据表：

TRRDGENES(

包含所有

TRRD

库基因的基本信息和调控

单元信息

)

；

TRRDSITES(

包括调控因子结合位点的具体信息

)

；

TRRDFACTORS(

包括

TRRD

中与各个位点结合的调控因子的具体信息

)

；

TRRDEXP(

包括对基因表达模式的具体描述

)

；

TRRDBIB(

包括所有注释涉及的参考文献

)

。

TRRD

主页提供了对这几个数据表的检索服务。

5.JASPAR http://jaspar.genereg.net/

JASPAR

是收集有关转录因子与

DNA

结合位点模体

(motif)

的最全面的公开的数据库

,

该数据库是由哥本哈根大学

(University of Copenhagen)

负责日常数据更新维护工作。

JASPAR

数据库中所包含的数据

,

都经过严格筛选

,

有确切的实验依据

,

通过计算机辅助软件进行整合识别匹配并用生物学手段进行注释。

JASPAR

中的数据是完全公开的

,

用户可以通过主页对数据库进行直接访问。网站在最新一次更新中对

JASPAR_CORE

根据物种分成

5

类

,

即脊椎动物门

(Vertebrata)

、线虫纲

(Nematoda)

、昆虫纲

(Insecta)

、植物界

(Plantae)

和真菌界

(Fungi),

以及根据结构归类

,

用户可以清晰地在主页上找到相应链接。网站还提供了根据序列号

(ID)

、物种等特性进行的搜索

,

还可以直接浏览

数据库的内容。同时

,

用户通过主页可以下载

JASPAR

中的数据到自己的电脑上。与同领域相似数据库相比

, JASPAR

是一个非冗余的数据

库

,

数据来源经过严格筛选

,

并且对所有数据提供免费下载

,

并有相应软件配套使用。但是相对于

TRANSFAC

等其他数据库

, JASPAR

所包

含的数据量比较小

,

用户可以根据需要选择相应的数据库

.

荐以下几个目前主流的数据库，应该包括你所需要的内容。供参考。


1、TRANSFAC（http://www.gene-regulation.com/pub/databases.html#transfac）

德国生物工程研究所开发的

TRANSFAC

数据库是关于转录因子、它们在基因组上的结合位点和与

DNA

结合的

profiles

的数据库。由

SITE

、

GENE

、

FACTOR

、

CLASS

、

MATRIX

、

CELLS

、

METHOD

和

REFERENCE

等数据表构成。此外，还有几个与

TRANSFAC

密切相关

的扩展库：

PATHODB

库收集了可能导致病态的突变的转录因子和结合位点；

S/MART DB

收

集了与染色体结构变化相关的蛋白因子和位点的信息；

TRANSPATH

库用于描述与转录因子

调控相关的信号传递的网络；

CYTOMER

库表现了人类转录因子在各个器官、细胞类型、生

理系统和发育时期的表达状况。

TRANSFAC

及其相关数据库可以免费下载，也可以通过

Web

进行检索和查询。

TRANSFAC

数据库始建于

1988

年，采用关系数据库模式，用表格存放数

据。

1997

年起，基于

Web

的版本开始上网，目前，该数据库正在进一步开发，如构建各种转

录因子在不同细胞组织中的表达特异性数据库等。（）

2

、EPD（http://www.epd.isb-sib.ch/）

是真核基因启动子数据库，提供从

EMBL

中得到的真核基因的启动子序列，目标是帮助实验研究人员、生物信息学研究人员分析真核

基因的转录信号。现有

1500

多个启动子序列数据，按照层次式方式组织数据。关于启动子

的描述信息直接摘自科学文献，因而相对独立于

EMBL

。

该数据库所有的启动子均经过一系列的实验证实：如是否为真核

RNA

聚合酶

Ⅱ

启动

子、是否在高等真核生物中有生物学活性、是否与数据库中的其他启动子有同源性等等。

EPD

与其他的相关数据库也建立了相关链接，如

EMBL

、

SWISS-PROT

、

TRANSFAC

等。

在最新版本第

76

版本中，

EPD

将收集的启动子分为六大类：植物启动子、线虫启动子、

拟南芥启动子、软体动物启动子、棘皮类动物启动子和脊椎动物启动子。共

2997

个条目，

其中脊椎动物中的人类启动子有

1871

个，约占总数的

62%

。

EPD

是目前唯一的一个实验证实启动子数据库，所以是各种预测软件的评论手段之一。

3

、SCPD（http://cgsigma.cshl.org/jian/）酵母启动子数据库（The Promoter Database of Saccharomyces cerevisiae）

提供

6000

余

条酵母基因和

ORF

以及相关的调控元件和转录因子数据。在

SCPD

中列有酵母菌的

256

个转

录因子，目前已经可以借助基因表达分析来搜寻基因的调控位置。

Roth

等人及

Hughes

等人针

对有类似基因表现图谱的基因启动子位置，寻找统计上经常出现的

DNA

序列，发现

3311

个

DNA motif

，经归类后有近

400

个

DNA motif

。由于一个基因的启动子区域经常含有一个以上

的不同的

DNAmotif

，并且无法知道哪些

DNAmotif

必须同时与转录因子结合进而促进基因表

达。

Pilpel

等人设计了一种称作基因表达一致性分数（

Expression Coherence Score

）的度量，

做法是先收集酵母菌全部在启动子区域上拥有某种特殊

DNA motif

组合的基因，接下来计算

酵母菌在不同生理状况下基因表现的相关性（即

Expression Coherence Score

），如果相关系数

高，则可以推测出此种

DNAmotif

的特殊组合对基因表达进行调控。

4

、TRRD（http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/）

转录调控区数据库（

Transcription RegulatoryRegions Database

）

是在不断积累的真核生物基因调控区结构－功能特性信息基础上构建的。每一个

TRRD

的条目里包含特定基因各

种结构－功能特性：转录因子结合位点、启动子、增强子、静默子、以及基因表达调控模式等。

TRRD

包括五个相关的数据表：

TRRDGENES(

包含所有

TRRD

库基因的基本信息和调控

单元信息

)

；

TRRDSITES(

包括调控因子结合位点的具体信息

)

；

TRRDFACTORS(

包括

TRRD

中与各个位点结合的调控因子的具体信息

)

；

TRRDEXP(

包括对基因表达模式的具体描述

)

；

TRRDBIB(

包括所有注释涉及的参考文献

)

。

TRRD

主页提供了对这几个数据表的检索服务。

5.JASPAR http://jaspar.genereg.net/

JASPAR

是收集有关转录因子与

DNA

结合位点模体

(motif)

的最全面的公开的数据库

,

该数据库是由哥本哈根大学

(University of Copenhagen)

负责日常数据更新维护工作。

JASPAR

数据库中所包含的数据

,

都经过严格筛选

,

有确切的实验依据

,

通过计算机辅助软件进行整合识别匹配并用生物学手段进行注释。

JASPAR

中的数据是完全公开的

,

用户可以通过主页对数据库进行直接访问。网站在最新一次更新中对

JASPAR_CORE

根据物种分成

5

类

,

即脊椎动物门

(Vertebrata)

、线虫纲

(Nematoda)

、昆虫纲

(Insecta)

、植物界

(Plantae)

和真菌界

(Fungi),

以及根据结构归类

,

用户可以清晰地在主页上找到相应链接。网站还提供了根据序列号

(ID)

、物种等特性进行的搜索

,

还可以直接浏览

数据库的内容。同时

,

用户通过主页可以下载

JASPAR

中的数据到自己的电脑上。与同领域相似数据库相比

, JASPAR

是一个非冗余的数据

库

,

数据来源经过严格筛选

,

并且对所有数据提供免费下载

,

并有相应软件配套使用。但是相对于

TRANSFAC

等其他数据库

, JASPAR

所包

含的数据量比较小

,

用户可以根据需要选择相应的数据库

.