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根据基因名批量下载蛋白质序列

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#楼主# 2019-1-23

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使用R语言的biomart包,可以完成这个任务。


```r
# 安装biomaRt包
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("biomaRt")
# 加载biomaRt包
library(biomaRt)
# 定义数据库
mart <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
# 根据基因名,批量提取蛋白质序列
seq = getSequence(id = c("BRCA1","TP53"),
                  type = "hgnc_symbol",
                  seqType = "peptide",
                  mart = mart)
# 显示基因名和蛋白质序列
show(seq)
# 默认目录下输出fasta格式seq
exportFASTA(seq, file="seq")
```


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zycxjl 发表于 2019-5-11 21:27:59
,贼六,都会编程。
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