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确定基因敲除带来的副作用

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#楼主# 2019-1-23

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1.如何确定某个基因的具体作用和功能?
这个很容易,在NCBI里gene直接搜这个基因的名字,会出现它的序列和染色体定位等信息,编码或非编码,再在pubmed里搜一下这个基因,看看有没有前人报道,如果有就基本没问题了,如果没有,是一个比较新的基因,那么编码基因可以用KEGG数据库搜通路,非编码基因还有一些专业的软件可以预测功能。
2.如何进行精确的基因敲除,而能确保其他基因均不受影响?
从方法上说,无论是锌指还是TALEN还是目前大热的CRISPR-cas9没有办法进行精确的基因敲除,(它们彼此之间的精确度与效率有差异,可能连中文文献都有,就不细说了)但是因为每个编码蛋白的外显子只占基因组很小的部分,也就是通常外显子旁白都是非编码的内含子,大多没有功能,或者即使有功能也是调节功能并且不是唯一的,所以在设计敲除所用的引物的时候注意结合位点,目前一种思路是搭在一个编码基因两侧的内含子上,还有就是楼上提到的特异性问题,可以预测特异性好坏尽可能避免脱靶,但是不能完全排除脱靶的可能性,但除非设计问题不会每个样本都脱靶,所以一批次处理量里面大部分可以达到特异性敲除,有一些会损失
3.另外,如何预判基因敲除可能带来的副作用,控制风险?
副作用就是上述脱靶现象,会导致其他基因受到影响,导致表型变化,如果是动物模型会出现肿瘤或者致死等问题,控制风险就是上述,但目前无法完全规避风险。目前CRISPR技术非常热,研究者很多,大部分针对的都是特异性问题,所以理论上未来基因敲除准确性会越来越高
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